Como você está basicamente pensando em NTFS vs. exFAT, o suporte fácil para outros sistemas operacionais não parece ser uma preocupação. Eu sugiro ficar com o NTFS. O exFAT destina-se principalmente a volumes menores e dispositivos mais lentos, onde a sobrecarga de espaço e complexidade do NTFS é um problema.
Então eu me pergunto o que exatamente você pretende ganhar com a formatação dessa unidade com o exFAT. É na maioria das vezes inferior ao NTFS.