A julgar pelo menos a pesquisa que fiz, parece que existia uma chave de registro no XP que poderia ser modificado para conseguir isso , mas desde o Windows 7, essa mudança de registro tem sido ineficaz (há um muito aquecido e conversa relevante nos fóruns da Microsoft sobre isso.)
Até encontrei um artigo do blog interessante Jeff Atwood escreveu sobre isso em 2007, apesar de seu exemplo estar no XP.
Os moderadores da Microsoft nos fóruns parecem sugerir que, por padrão no Windows 7, aplicativos escritos corretamente não devem roubar o foco (argumentam que o ajuste do registro do XP foi incorporado), mas No final do dia, a comunidade acredita que eles estão simplesmente errados e alguns aplicativos apenas fazem .
Discussões aqui sobre o Superusuário relacionadas ao XP terminaram, com o passar do tempo, levantando questões nos comentários sobre como as soluções poderiam ser aplicadas ao Windows 7. HarryMC postou uma ótima resposta que lança alguma luz lá.
No final do dia, parece que simplesmente não há como realizar isso universalmente no Windows 7, pois parece fazer mais com os próprios aplicativos. Depois de um pequeno teste, descobri que alguns dos meus aplicativos exigem foco e obtêm isso, enquanto outros não.
Solução Alternativa
Uma alternativa que eu uso todos os dias é Sempre visível ( link alternativo ). Ele liga a tecla de atalho Ctrl + Espaço para fazer com que a janela esteja sempre focada no topo.
Eu o uso quando estou trabalhando em quase todos os programas que eu sei que não quero interromper, já que ele não permite nenhuma janela sobre ele. No entanto, isso pode ser mais irritante para algumas pessoas. Eu só tenho o hábito de acertar a tecla de atalho depois que eu termino com um programa em particular, ou minimizo isso.
Alternativa à Alternativa (Minhas Opiniões)
Uma substituição de shell, como as que o HarryMC sugeriu em sua resposta acima, é uma solução viável.
Embora em minha mente, se você está disposto a substituir completamente o Aero, ou substituir completamente o Explorer, ou disposto a substituir completamente o shell do Windows para obter essa funcionalidade (e eu não o culpo), você poderia facilmente substitua o Windows.
Foi o que eu fiz no começo deste ano. Aprender o ubuntu tem sido interessante, mas foi para melhor.