Existem quatro versões diferentes e você precisa da versão do Instalador.
Installer: Take this one if you have no idea which one you should take.
zip package: Don't want to use installer? Check this one (zip format).
7z package: Don't want to use installer? 7z format.
minimalist package: No theme, no plugin, no updater
O GPU.exe do auxiliar de atualização é fornecido somente com a versão do Instalador.
Mesmo as versões .zip e .7z não vêm com a funcionalidade de atualização automática.
O ajudante de atualização está localizado em ...\notepad++\updater\GUP.exe