O Microsoft Excel afirma isso ao salvar em praticamente qualquer formato diferente de .xls ou .xlsx. A razão é que somente esses formatos (Microsoft proprietários) podem suportar recursos do Excel, como fórmulas, formatação (condicional), gráficos, várias planilhas, etc.
Se tudo o que você está salvando são dados, você pode ignorar com segurança essa mensagem. Eu acho que você pode até mesmo dizer ao Excel para calar a boca e parar de dizer que com um pouco "Não mostrar este aviso novamente" tickbox nessa mensagem de "erro".
Para a pessoa que critica a "sua" formatação CSV, eu respondo que é o Excel, não você, que gera o arquivo CSV, portanto, qualquer erro no formato CSV é o erro do Excel, não o seu.