Eu tive exatamente o mesmo problema com uma instalação do mysql. Você precisa limpar o pacote. Simplesmente remover um pacote não remove os arquivos de configuração que o acompanham.
Além disso, vou me referir ao mysql-server-5.0 , mas percebo que há um pacote de wrapper mysql-server que sempre aponta para a versão mais recente. isto é, se você pedir para instalar o mysql-server , o apt-get deve dizer que depende do mysql-server-5.0 e instalar ambos. Se você tiver o pacote mysql-server no sistema, você deve certificar-se de que ele foi removido antes de tentar reinstalá-lo.
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Certifique-se de que o servidor mysql (mysqld) não esteja sendo executado. Se for, traga abaixo:
sudo /etc/init.d/mysqld stop
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Verifique se algum pacote depende do mysql-server-5.0:
sudo apt-cache rdepends mysql-server-5.0
Se o fizerem, você precisará usar a opção - force para desinstalar.
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Purgue o pacote (inclua a opção - force , dependendo do item # 2)
sudo apt-get --purge remove --force mysql-server-5.0
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Certifique-se de que os arquivos do instalador também estejam limpos, executando
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get autoremove
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Instale o pacote do servidor novamente
sudo apt-get install mysql-server-5.0
Isso deve resolver seu problema. No entanto, o pacote ainda pode estar quebrado, se você fez alterações nos arquivos que vieram do pacote mysql-common .
mysql-common é o pacote base usado pelos componentes cliente e servidor. Se as coisas ainda não estiverem funcionando, tente reinstalar este pacote. Definitivamente haverá pacotes que dependem disso; verifique usando # 2 acima. Remova o mysql-server antes de reinstalar o mysql-common . Além disso, não esqueça de reinstalar o mysql-common , senão o seu sistema estará muito quebrado.