Você precisa usar certutil.exe :
certutil –addstore -enterprise –f "Root" <pathtocertificatefile>
adicionará o certificado ao armazenamento de Autoridades de Certificação Raiz Confiáveis.
Se você quiser adicionar uma Autoridade de Certificação Intermediária, substitua Root por CA e adicione à sua Loja Pessoal, altere para My .
Todos os itens acima adicionam o certificado ao armazenamento do computador local. Para adicionar ao armazenamento do usuário, remova o -enterprise da linha de comando:
certutil –addstore –f "Root" <pathtocertificatefile>
O -f no comando simplesmente força uma sobrescrita no caso em que o certificado já está instalado.