Bem, não é como se a Microsoft deliberadamente desativasse o suporte do Noto Emoji. Mais simplesmente, simplesmente não suporta o formato que o Noto usa.
Embora quase todas as fontes com as quais você lida sejam baseadas em OpenType, existem várias extensões de fontes de cores diferentes para o OpenType - Segoe UI O Emoji usa o próprio formato da Microsoft (desenhos vetoriais em camadas em COLR / CPAL), enquanto o Noto Emoji Color usa as próprias imagens do Google (bitmap em CBDT / CBLC). Há também o "SVG" da Adobe e o formato "sbix" da Apple.
O Noto é originalmente desenhado em formato SVG, então inclui a tabela "SVG" da Adobe juntamente com os bitmaps do Google, porque isso é bastante simples. Mas o formato em camadas da Microsoft é bem diferente, então não tenho certeza se a conversão automática seria fácil ou até mesmo possível.
Veja também issue # 43 "NotoColorEmoji.ttf não é uma fonte válida no Windows" no GitHub para uma explicação mais detalhada.
Um tempo atrás, costumava haver um "Adobe Type Manager" adicionando suporte para fontes Type-1, quando o Windows suportava apenas TrueType. Mas eu não ouvi nada que pudesse adicionar suporte a diferentes tipos de fontes emoji ...
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