Eu acho que isso funcionaria. Eu não tenho uma caixa de XP onhand para testar, mas isso funciona corretamente no Windows 7. Basta alterar C: para o diretório que você deseja verificar e ele lhe dará uma lista de todas as pastas ocultas menos as pastas do sistema.
dir C:\ /ahd-s /s /b /p
Esqueci de mencionar que você tem que executar isso a partir do cmd.exe e você sempre pode fazer algo como
dir C:\ /ahd-s /s /b > c:\list.txt
para direcionar todas as saídas para um arquivo de texto para facilitar a visualização.
Se você quiser que a pesquisa também inclua todos os arquivos ocultos, mas não os arquivos do sistema, altere o comando para
dir C:\ /ah-s /s /b /p
/a significa apenas nos mostrar arquivos com os seguintes atributos. Adicionamos /ah para especificar somente arquivos ocultos, /ahd seriam apenas diretórios ocultos e /ahd-s seriam diretórios ocultos apenas excluindo arquivos do sistema ( -s )