Faça isso sem o curinga (não é necessário de qualquer maneira). A expansão do shell transformará esse curinga em uma cadeia gigante de arquivos de origem que será limitada ao número de bytes que o shell pode aceitar como argumento e, portanto, ao número de arquivos que você pode copiar.
Então, seu novo comando seria:
cp -r /media/BAKKER_UPPER/many_files_here/ /media/NEW_NTFS_HOME/