Sim, você pode ter diferentes chaves ssh. Há uma documentação muito boa no site de Ajuda do GitHub em Help.GitHub - Múltiplas Chaves SSH . Essencialmente, você estará usando ssh-add para adicionar as chaves extras para que o agente possa utilizá-las. Então você configura o ssh hosts config para que quaisquer conexões ssh para domínios diferentes sejam procuradas aqui e a chave apropriada seja usada. boa sorte!