Existe uma lista "recentemente usada" que é salva pelo VLC. E há duas respostas para sua pergunta.
A maneira "fácil" que você provavelmente espera: Você pode desativar o comportamento abrindo as Ferramentas - > Caixa de diálogo Configurações, selecionando a seção "Interface" (normalmente seria pré-selecionada) e desativando a opção "Salvar itens recentemente reproduzidos".
A maneira "difícil" que você deve considerar para seu próprio bem: basta configurar uma conta não administrativa diferente para seu colega de quarto neste computador, configurar uma senha complexa e nunca, em hipótese alguma, distribuir para qualquer outra pessoa. Melhor ainda, use o EFS para criptografar todos os dados em seu diretório de perfil - apenas no caso de alguém conseguir uma conta administrativa nesta máquina.