As ações a serem realizadas ao fechar a tampa do laptop são configuradas com o comando gnome-power-preferences (menu: Sistema - > Preferências - > Gerenciamento de energia)
Você precisará definir duas opções: "Quando a tampa do laptop estiver fechada" para "Não fazer nada" e também "Colocar o computador em suspensão quando inativo por" a "Nunca" (caso contrário, o laptop não dormirá automaticamente quando você feche a tampa, mas logo depois porque ela está inativa). Note que estas opções têm valores separados para "AC power" e "Battery power": claro, você terá que configurar o correto para o seu caso (ou ambos).
* Observação: talvez seja necessário executar o seguinte comando para a opção de exibição:
gconftool-2 --type string --set /apps/gnome-power-manager/buttons/lid_ac "nothing"