Às vezes, às vezes não importa.
O instalador pode requerer acesso às chaves do registro que podem ser bloqueadas por um programa aberto.
Além disso, alguns instaladores criam um ponto de restauração do sistema, programas abertos podem causar problemas.
Por exemplo, tente instalar o Adobe Flash Player com o navegador da Web aberto.
A boa prática de computação é fechar os aplicativos em execução antes de instalar qualquer software.