Todo sistema de arquivos tem limites , e ext2 / ext3 foram limitados a 2 TiB, mas ext4 tem um muito maior limite (que você não alcançará em breve). Então, use ext4 e você deve estar seguro ...
Para os compartilhamentos NFS, acho que depende do daemon / versão do NFS que você usa (verifique os manuais primeiro) e alguns certamente têm um limite de tamanho de arquivo. Para o Samba não deve ser um problema, exceto com versões mais antigas do Windows, talvez?