Desculpe responder minha própria pergunta, mas nenhuma das outras respostas realmente resolve o problema.
Eu finalmente descobri que isso só acontece ao fechar gnome-terminal
(isto é, arquivo > sair, o botão 'x', alt + F4), e mesmo assim geralmente somente ao fechar vários terminais em sucessão rápida. Isso nunca acontece quando usando ctrl-D para fechar o shell, deixando o terminal seguir.
Se eu puder defini-lo bem o suficiente, arquivei um relatório de bug do gnome-terminal. Enquanto isso, talvez isso ajude outras pessoas que chegam do google!