Sim, pode! O Notepad ++ tem um modo de pesquisa RegEx que você pode selecionar para todas as suas necessidades de substituição do RegEx.
O exemplo abaixo é uma substituição básica para qualquer coisa entre (see (a...))
, com exceção de uma quebra de linha. Você pode precisar modificar o RegEx ou escrever o seu próprio para atender às suas necessidades. Aqui está um ótimo lugar para ajudá-lo e experimentar.
RegEx: \(see \(a.+\)\)
Strings correspondentes:
(see (a053007djfgspwdf))
(see (a053007djfgspwdf) and (a54134xsedgeg))
(see (a053007djfgspwdf), (a9554xsdfgsdfg) and (a54134xsedgeg))