Outras respostas aqui falam sobre algumas das diferenças. Eu vou chegar a sua pergunta seguinte,
I know both approaches will work, just wondering if there is a reason to prefer one or the other
Então, digamos que você use somente o seu roteador para acessar o inet (sem VPN ou outras necessidades de roteamento)
Se eu tiver o Roteador R_A e alternar S_A e S_B. Suponha que conectamos os dois switches diretamente ao roteador. Então suponha que eu tenha 2 hosts em S_A (S_A_h1, S_A_h2) e 2 hosts em S_B (S_B_h1, S_B_h2).
Se S_A_h1 quer falar com S_B_h2 quantos saltos devem ser feitos? 3, um através de cada switch e o roteador.
Se o S_A_h1 deseja acessar a Internet, quantos saltos devem ser feitos na LAN? 2, um através do switch e outro através do roteador.
Agora, suponha que conectamos somente S_A ao roteador e, em seguida, conectamos S_B a S_A.
Agora, se S_A_h1 quer falar com S_B_h2 quantos saltos devem ser feitos? 2, um através de cada um dos interruptores.
Se o S_B_h2 quiser acessar a internet quantos saltos devem ser feitos? 3, ambos os switches e o roteador.
Portanto, se você quiser reduzir a latência da rede, será necessário configurar sua rede de maneira a reduzir os saltos. por exemplo. você provavelmente desejaria manter seu servidor de mídia local no mesmo switch que os computadores da sua TV e de sua Internet em um switch que se conecta ao roteador.