Eu tive o mesmo problema depois de atualizar para o Mountain Lion. Eu liguei para a Apple e depois de ter que passar pelo reset habitual da PRAM, entrei em alguém que tinha algumas sugestões úteis. O problema parece estar resolvido agora - não parece que o problema se repita.
A solução foi remover os plists para o Dock, o Finder e o Desktop. Eu suspeito que o plist Dock foi o mais importante, pois é definitivamente um problema relacionado Dock. Presumivelmente, no processo de atualização, o plist foi corrompido de alguma forma.
As plists em questão podem ser encontradas em ~ / Library / Preferences. Uma maneira rápida de acessar a pasta Library no Finder é pressionar Option e selecionar Go no menu Finder - a Library estará na lista.
Dentro da Biblioteca, abra as Preferências e encontre com.apple.dock.plist - envie para a lixeira ou arraste para a área de trabalho. Os outros dois que o cara da Apple me fez remover foram com.apple.desktop.plist e com.apple.finder.plist.
Agora saia e entre novamente (ou faça o killall Dock a partir de um terminal) - o Dock irá recriar o plist. O arranjo Dock agora voltará ao padrão - você terá que adicionar novamente todos os aplicativos que tinha lá.