O comportamento que você está vendo é consistente com a configuração "Omnibox UI Hide Regate-State URL Scheme e Trivial Subdomains" ativada em chrome://flags
.
Aoretornaressesinalizadorpara"Padrão" (ou "Desativado") e reiniciar o navegador (solicitado), você deverá recuperar seu esquema + subdomínios. Isso está no Chrome versão 67.0.3396.87 (compilação oficial) (64 bits) - Windows.
Except checking that setting does not show "Enabled"; rather it shows "Default".
Até onde eu sei, "Padrão" significa "Ativado" ou "Desativado" está embutido no executável do Chrome. Então, isso é principalmente dependente de versão. Observe também que as configurações variam entre as construções "Desenvolvedor" e "Estável".
As configurações também podem ser ativadas / desativadas nas opções de linha de comando. Então esta é outra área que vale a pena conferir. Referência : link - embora eu não veja muito em relação ao Omnibox nesta lista.
ATUALIZAÇÃO: Conforme observado em outra resposta, do Chrome versão 69 (versão testada 69.0.3497.81), esse recurso agora parece estar ativado por "Padrão". Portanto, você deve definir isso explicitamente como "Desativado" para remover esse recurso.