Em vez de calcular valores negativos, pode ser mais fácil entender se você mantiver todos os valores positivos fazendo um valor lógico 0,0 na parte superior esquerda física de uma caixa virtual que desenharia se tentasse cercar todos os monitores. Pense como quando você move um monitor para cima e para a esquerda, que você está realmente empurrando os outros para a direita e para baixo.
Por exemplo, eu tinha monitor de 1280x1024 e 1920x1200, com o primeiro menor assumindo o lado superior direito do segundo, não o canto inferior esquerdo do primeiro onde está fisicamente posicionado (à esquerda) e alinhado (a borda inferior é na mesma altura, o topo é mais baixo, claro, porque não é tão alto).
Então, para começar, o segundo monitor de 1920x1080 estava na posição 0,0 e o primeiro, em 1920,0. Em vez de tentar calcular negativo - (1920 + 1280), (1200 - 1024) para o primeiro monitor, coloquei o primeiro monitor em todos os valores positivos 0, (1200 -1024) e o segundo em 1280, 0.
Fazer logoff do Windows e, em seguida, fazer o logon novamente aplicou as configurações para mim. Também é útil saber que isso funciona no Windows Hyper-V Server (acabei de fazer isso em 2012 R2, o que significa que essas configurações ainda funcionam no Windows 8 e 8.1). Isso é realmente útil para pessoas bloqueadas das configurações de resolução de tela, mas tentando obter um PC host estilo bare (você quase nunca precisa atualizar ou reinicializar) e trabalhar exclusivamente com máquinas virtuais dentro via Remote Desktop (copie isso de outra máquina ).
Graças a techie007 pela resposta original, essa foi a chave para resolver tudo isso. Se você marcar esta variante como útil, não esqueça de "aumentar" a resposta dele e a pergunta também.