Olhando para a fonte, -s faz o gedit sempre iniciar um novo processo e uma nova janela, ao invés de adicionar uma aba a uma janela existente do gedit que já está rodando. Útil se você está preocupado com uma janela quebrando derrubando a outra. Você pode fazer a mesma coisa com o gnome-terminal com a opção "--disable-factory", que é útil, já que o gt travou e derrubar os processos em execução em todas as suas guias e janelas com isso!
Editar: E os documentos que você mencionou acima indicam que também é útil se você está invocando o gedit de um arquivo de lote ou de um programa de e-mail etc. - "gedit -s" crie um novo processo que não saia até que a janela seja fechada, enquanto o "gedit" simples retornará imediatamente se já houver um processo de gedit em execução.