Não acredito que os marcadores desempenhem um papel importante no processo de inicialização.
Não importa o que você faça, a inicialização do FF será lenta, em proporção direta ao número de complementos. E como uma das melhores razões para usar o FF é a sua riqueza de complementos, não queremos mudar isso.
A solução é nunca realmente fechar FF, apenas para tirá-lo do caminho.
Eu uso a extensão Minimizar para a bandeja , que minimiza o FF na bandeja do sistema. Dessa forma, não é necessário um espaço valioso na barra de tarefas, e o FF está sempre disponível com um simples clique no ícone da bandeja.
EDITAR:
Desde o FF 3.6, Minimize To Tray não é mais suportado.
Eu uso em vez disso MinimizeToTray reviveu que funciona perfeitamente bem.