Resposta curta: não. Por design você não consegue fechá-los (com um clique, pelo menos).
Mas se isso realmente o incomoda, eu li há algum tempo um artigo sobre WebUpd8 mostrando como instalar uma versão corrigida do NotifyOSD e uma ferramenta de configuração para torná-los clicáveis. Esses pacotes são fornecidos por meio de um PPA, portanto, as armadilhas usuais de usá-los se aplicam (1).
Esses PPAs têm pacotes para o Quantal, portanto, se você estiver usando um PPA, experimente. Eu pessoalmente nunca os usei, então não sei dizer se eles são estáveis ou não. Se algo der errado, você pode usar ppa-purge
para reverter as alterações.