Instalando o scipy no Ubuntu

Question

Então, sempre que tento

pip install -U scikit-learn 

Eu recebo:

ImportError: libatlas.so.3gf: cannot open shared object file: No such file or directory

Certifiquei-me de ter atlas-base no meu /usr/lib/ dir. O que estou fazendo errado?

Edit: esclarecimentos, estou fazendo isso em um virtualenv.

Editar 2: Alguém sugeriu que eu usasse sudo apt-get install python-scipy e é isso que eu recebo quando tento importar:

>>> import sklearn
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scikit_learn-0.13-py2.7-linux-x86_64.egg/sklearn/__init__.py", line 32, in <module>
    from .base import clone
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scikit_learn-0.13-py2.7-linux-x86_64.egg/sklearn/base.py", line 9, in <module>
    import numpy as np
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
    import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 13, in <module>
    from polynomial import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/polynomial.py", line 17, in <module>
    from numpy.linalg import eigvals, lstsq
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py", line 48, in <module>
    from linalg import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 23, in <module>
    from numpy.linalg import lapack_lite
    ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3gf: undefined symbol: ATL_chemv

Editar 3: Depois de corrigir algumas dependências com numpy, agora obtenho:

   import fblas
ImportError: libatlas.so.3gf: cannot open shared object file: No such file or directory

    

Answer 1

Para obter as dependências, tente

sudo apt-get install python python-dev libatlas3-base-dev gcc gfortran g++

Além disso, você deve verificar se o numpy está atualizado:

>> import numpy

>> numpy.version.version

'1.6.1'

(por exemplo). Eu acho que você quer numpy > 1.5.0 para a última distribuição de scipy.

Você pode tentar o comando sudo apt-get install python-scipy sugerido nas outras respostas.

    

Answer 2

sudo apt-get instala o python-sklearn

Editar:

hdante@aielwaste:~$ python
Python 2.7.3 (default, Sep 26 2012, 21:51:14) 
[GCC 4.7.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sklearn
>>> 

    

Answer 3

sudo apt-get install python-scipy

    

Answer 4

Eu posso trabalhar por

echo "/usr/lib/atlas-base" | sudo tee /etc/ld.so.conf.d/atlas-lib.conf
sudo ldconfig

Obrigado por este tópico: link