Os dois pacotes são basicamente os mesmos. Ambos funcionarão perfeitamente com a área de trabalho do Unity.
Uma diferença é o conjunto de bibliotecas com as quais eles estão vinculados para os componentes gráficos do GVim, então a aparência dos botões, menus e diálogos de arquivos pode ser diferente.
Outra diferença é o suporte a sessões de área de trabalho. De acordo com a descrição do Vim sobre sua GUI do GNOME , a versão vim-gnome
deve salvar e restaurar sua sessão ao registrar. fora de uma sessão da área de trabalho e também sobre arquivos não salvos.
Veja esta resposta para obter uma lista completa de todos os pacotes vim-*
disponíveis.