'screen' é provavelmente o que você deseja. Permite desconectar e reconectar à vontade. Depois de você SSH no servidor, execute a tela antes de iniciar o seu programa. Ctrl-a, Ctrl-d irá desconectá-lo (o programa continua independentemente). No seu retorno, a tela 'r' irá reconectá-lo como se você nunca tivesse ido embora.
Pense nisso como VNC ou RDP para terminais de texto. Pesquise por "usando a tela" para muitos tutoriais.
Editado para adicionar: Atualmente, eu recomendaria tmux , especialmente se usado em conjunto com o script tmx . A capacidade de dividir painéis (verticalmente e horizontalmente) e redimensioná-los é uma enorme vantagem sobre a tela.