Sim, você pode, eu tentei gravar uma nova macro, fiz uma pesquisa e substituí-la e ela salvou a ação com sucesso, então, quando reproduzi a macro, ela fez a mesma pesquisa e ação de substituição.
Eu não sou especialista em macros do Notepad ++, mas acredito que você esteja ... Eu abri um arquivo aleatório e criei uma macro chamada test. Ele procurou por uma palavra chamada "recorte" e substituiu por "blaa".
Abrindo o arquivo shortcuts.xml
após fechar o Notepad ++ revela essa nova macro:
<Macro name="test" Ctrl="no" Alt="no" Shift="no" Key="0">
<Action type="3" message="1700" wParam="0" lParam="0" sParam="" />
<Action type="3" message="1601" wParam="0" lParam="0" sParam="snip" />
<Action type="3" message="1625" wParam="0" lParam="0" sParam="" />
<Action type="3" message="1602" wParam="0" lParam="0" sParam="blaa" />
<Action type="3" message="1702" wParam="0" lParam="768" sParam="" />
<Action type="3" message="1701" wParam="0" lParam="1608" sParam="" />
</Macro>
Isso é testado e funciona na minha máquina, eu posso modificar manualmente esse arquivo e as alterações são refletidas e funcionam no Notepad ++.
Observe, no entanto, que o arquivo shortcuts.xml
(localizado na sua pasta Appdata) só é carregado e salvo na abertura / saída do Notepad ++.