Hardware
Como outros já mencionaram, ele garante que os arquivos sejam armazenados em unidades de alocação contadas numericamente.
Em mídia giratória, como discos rígidos, isso fornece acesso mais rápido aos dados, já que o disco não precisa girar mais e as cabeças não precisam se mover para frente e para trás. Em SSDs, isso não tem benefício de desempenho.
Recuperação de dados
Uma coisa de nota sobre a desfragmentação é que, ao colocar arquivos em unidades de alocação consecutivas, a recuperação de dados se torna mais fácil e mais provável de ser bem-sucedida. Quando você acidentalmente exclui um arquivo, tem uma falha de unidade ou é atingido por um vírus, é muito menos provável que os arquivos fragmentados tenham êxito.
Isso ocorre porque, se o arquivo é dividido em várias partes espalhadas por toda a unidade, torna-se difícil (quase sempre impossível) descobrir quais partes vão a onde e pertencem a quais arquivos. Isso é ainda mais problemático com unidades maiores contendo mais arquivos. Para recuperar com sucesso um arquivo fragmentado, você precisa saber onde cada parte dele está e a ordem delas, mas se você tivesse isso, não precisaria recuperá-lo .
Se os arquivos não estiverem fragmentados, tudo o que você precisa fazer é encontrar o início do arquivo e conhecer o tamanho ou saber como detectar o final (por exemplo, conhecendo o formato do arquivo ou detectando quando um novo arquivo começa).
Uma maneira de ajudar na recuperação de dados é usar um sistema de arquivos que seja mais tolerante à corrupção e que contenha funções de backup e recuperação melhores, como o NTFS sobre o FAT32. Infelizmente, nenhum sistema de arquivos é perfeito e mesmo os melhores ainda estão sujeitos à perda de dados e exigem recuperação de dados de vez em quando.
Recomendações
Com um disco rígido, garantindo que o disco seja desfragmentado (por exemplo, agendá-lo para desfragmentar automaticamente sempre que o sistema estiver ocioso - o que se torna uma tarefa cada vez menor à medida que limpa as coisas) ajuda a melhorar suas chances de recuperação arquivos perdidos. Como os SSDs não são adequados para serem desfragmentados, você precisará ponderar os riscos e os benefícios da desfragmentação e ou desgastar a unidade, fazer backups regulares ou armazenar dados críticos em um disco rígido.