Contas do Windows associadas a contas da Microsoft são apenas contas normais do Windows com um pouco mais de informações extras adicionadas a elas no SAM.
Primeiro, você usa seu método favorito para criar suas novas contas (usuário da rede, PowerShell, WMI) e, em seguida, adiciona as informações extras às novas contas.
Isso é realmente complicado, porque a Microsoft não fornece uma API pública para isso. Felizmente alguém fez todo o trabalho duro para nós. Esta postagem no blog explica os detalhes e fornece um script do PowerShell para adicionar as informações adicionais.