ATUALIZAÇÃO:
Este problema de múltiplos menus é corrigido na versão 6.3.3 do mysql workbench. Eu instalei a nova versão encontrada aqui: link Eu instalei a seguinte versão Ubuntu Linux 14.10 (x86, 64 bits), DEB.
NOTA: Estou executando o Ubuntu 15.04. No entanto, eu instalei a versão 14.10 e funciona muito bem.
: END UPDATE
Se você olhar de perto, o menu não será duplicado. Na verdade, são dois menus separados. O primeiro menu é específico para a página inicial do MySQL Connections. O segundo menu é específico para sua conexão de banco de dados aberta. Por exemplo, se você abrir o mysql-workbench, a princípio você verá apenas um menu. Então, se você abrir uma conexão de banco de dados e exibir uma planilha SQL, o segundo menu será exibido.
Eu provavelmente classificaria isso como um bug por causa da redundância dos dois menus separados. No entanto, se você quiser alterar os menus, certamente o fará editando o XML para eles aqui: /usr/share/mysql-workbench/data/main_menu.xml
.
Uma maneira de fazer isso é executar:
sudo nano /usr/share/mysql-workbench/data/main_menu.xml