Não é uma boa resposta aqui, mas eu gostaria de deixar uma nota confirmando que encontrei exatamente o mesmo problema em uma nova instalação do Leão da Montanha.
Há alguma discussão interessante no link abaixo, que sugere um bug controverso entre os arquivos de configuração MacVim e Python ... mas fazer a mudança sugerida no arquivo de configuração não funcionou para mim (supondo que eu fiz o certo).
O que fez funcionar para mim é, ahem, morder a bala e apenas fazer o symlinking do sistema python para instalar no homebrew. Parece sujo, mas pelo menos eu tenho completo omnicomplete trabalhando em módulos de terceiros agora ...
cd /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions
sudo mv Current Current-sys
sudo ln -s /usr/local/Cellar/python/2.7.3/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7 Current
brew install macvim
sudo mv Current Current-brew
sudo mv Current-sys Current