Use o Gerenciador de processos da Sysinternal . Como o gerenciador de tarefas, este aplicativo pode mostrar todos os processos em execução.
Mas também pode mostrar os argumentos de linha de comando usados para iniciar o processo: clique com o botão direito do mouse nos cabeçalhos da coluna e selecione a coluna "linha de comando". Essas informações extras ajudarão você a identificar qual aplicativo java está sendo executado em um determinado processo java.exe
.
Se ainda não houver informações suficientes, o Process Explorer também poderá informar quais arquivos, conexões de rede, entradas do Registro, etc. estão sendo usados pelo processo.
update : como mencionado nos comentários abaixo, o Gerenciador de Tarefas padrão do Windows também pode mostrar a linha de comando. Vá para "Visualizar" - "Selecionar colunas ..." e marque "Linha de comando".