Você tem um export EDITOR=vi
em algum lugar no seu .zshrc
em algum lugar? Eu tive um problema semelhante a isto, onde C-a C-e e C-r funcionava bem até eu iniciar o tmux. Acontece que o zsh interno estava pegando minha variável EDITOR e mudando as combinações de teclas para o estilo vi. Configurar meu .zshrc
como este resolveu o problema:
# Use vi as the default editor
export EDITOR=vi
# But still use emacs-style zsh bindings
bindkey -e