Quando você executa ou anexa qualquer aplicativo GUI nas guias ConEmu - toda a entrada do teclado (foco de leitura) foi passada para esse aplicativo de GUI filho.
É por isso que Ctrl + Tab não funciona no seu caso - ele é processado pelo PuTTY, mas não pelo ConEmu.
Mas há um caminho.
Solução 1
Se você ativou a opção "Instalar ganchos do teclado" na página de configurações "Controles", as teclas de atalho com o modificador Win ainda estão funcionando! Até mesmo o foco está dentro do aplicativo GUI filho. Por padrão, você pode usar Win + Q e Win + Deslocamento + Q para troque as guias. Essas teclas de atalho são definidas na página "Configurações de teclas e macro".
Solução 2
Vá para a página "Keys & Macro", encontre a linha com a descrição "Set focus to ConEmu" e escolha hotkey, Win + BackSpace por exemplo. Por favor, note que alguns combos-chave podem não funcionar - o Windows captura muitos combos.
Então você pode pressionar Win + BackSpace enquanto o foco do teclado está no PuTTY e depois disso Ctrl + Tab deve funcionar. Você pode tentar isso com o Bloco de Notas - o foco do teclado será mais óbvio.