A única solução em que consigo pensar é alterar a linha de assunto para que o email se encaixe no modelo de thread do Thunderbird (Re: subject). Existem duas maneiras de pensar:
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Encaminhe o email para si mesmo com uma nova linha de assunto.
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Use a extensão de ferramentas de cabeçalho de TB para editar a linha de assunto. No entanto, não tenho experiência com essa extensão e não posso garantir que ela funcione. Aparentemente, costumava funcionar muito bem com o TB2.
[EDIT] A extensão de ferramentas de cabeçalho TB não está disponível para as versões atuais do Thunderbird.
Eu agora recomendo EditEmailSubject que eu mesmo uso sem problemas.