Eu não usei o GDS, então estou jogando algumas ideias aleatórias aqui.
O que o índice GDS? Documentos? Página da Web estática (arquivos .html) no seu disco?
Essas questões estão levando ... Se você puder expor os dados do OneNote como um dos formatos que os índices do GDS, provavelmente será capaz de obter o GDS para indexá-los. Por exemplo, você poderia ter uma tarefa cron que verifica seu banco de dados One Note a cada X minutos e executar algo (como um script powershell) que grava / exporta os dados da One Note como arquivos HTML para uma pasta em seu disco rígido que o GDS então indexe.
Essa ideia de solução é um problema em vários níveis (duplicação de dados, tarefas agendadas, dados atualizados apenas a cada X minutos etc.), mas pode funcionar.
Boa sorte.