A versão GNU de tar suporta a opção --transform (e seu alias --xform ), você pode usá-lo assim
tar --transform "s/^$MYPATH/$VERSION/" -cf archive.tar.bz2 "$MYPATH"
Por exemplo, dada esta árvore de diretórios
foo
└── foo.txt
o comando
tar --transform "s/^foo/bar/" -cf foo.tar.bz2 foo
produzirá um arquivo como
$ tar -tf foo.tar.bz2
bar/
bar/foo.txt