Se o erro de sincronização permanecer constante, você tem um problema de atraso.
Se você estiver usando a versão 0.8.2 ou superior, as teclas g e h permitirão que você ajuste o atraso da sincronização durante a reprodução.
Se suas legendas estiverem aparecendo e desaparecendo muito cedo, use h para aumentar o atraso até que elas apareçam na hora correta.
Se as legendas aparecerem e desaparecerem tarde demais, use g para diminuir o atraso até que elas apareçam na hora correta.
Se a sincronização piorar (ficar cada vez mais à frente ou atrás) à medida que a reprodução avança, você tem um problema de tempo.
Isso geralmente ocorre porque um arquivo de legenda está sendo configurado para uma taxa de quadros diferente da do vídeo.
Você precisará converter o arquivo de legenda para corresponder à taxa de quadros do vídeo.
Como você está usando arquivos de legenda .SRT, há algumas sugestões de ferramentas para reavaliá-los nesta questão do SuperUser: Qual é o melhor editor de arquivos de legendas (srt)?
Você pode usar MediaInfo para verificar a taxa de quadros dos arquivos de vídeo e de legendas para ajudá-lo a decidir quais conversões são necessárias no arquivos de legendas.