Acabei de ter o mesmo problema e encontrei o gerenciador de sessões do PuTTY :
PuTTY Session Manager is a tool that allows system administrators to organise their PuTTY sessions into folders and assign hotkeys to favourite sessions. Multiple sessions can be launched with one click. Requires MS Windows and the .NET 2.0 Runtime.
Isso me permitiu configurar todas as sessões de uma só vez, deixando os elementos distintos bem isolados.