Não é nenhum dos dois. Links e junções são recursos do sistema de arquivos, incorporados ao NTFS.
Um .lnk é um recurso do "shell" - a parte GUI da área de trabalho do Windows. Efetivamente, é apenas um arquivo que contém referência a outro arquivo (eles também podem apontar para qualquer caminho que o shell saiba abrir, incluindo várias URLs ou até mesmo objetos shell sem caminho, como pastas do Computador ou Painel de Controle ou itens contidos lá) programas que não estão realmente instalados, mas "anunciados" através do Windows Installer).
É a parte do gui do Windows que desreferencia o link e abre o arquivo correto, enquanto que, com um link ou junção simbólica, isso é feito pelo NTFS.