Eu resolvi isso fazendo D drive check e repair (clique com o botão direito do mouse em drive > properties > tools > check). Agora não há atividade de disco, a menos que deva existir.
O que poderia estar causando esse comportamento? Eu acho que está usando meu disco rígido. D não é o disco do sistema, é para armazenamento de dados. Isso acontece mesmo se eu não estiver acessando de alguma forma, mas algo o aciona, porque isso não acontece imediatamente após o reinício.
$ LogFile é um arquivo que agrupa todas as alterações no seu sistema de arquivos. Não é usado apenas pelo sistema, mas também pelos seus programas, por ex. Chrome.exe ou iTunes.exe, por isso, se está mudando dados e tal por aí. Ele irá gravar as alterações no $ Logfile.
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