Encontrei isso em outro site
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Minimize todas as janelas
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Clique com o botão direito do mouse na seção vazia da área de trabalho e selecione Novo = > Atalho
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Digite isto na janela que é aberta: taskkill.exe / IM skype.exe / T e pressione Enter (ou clique em 'Próximo')
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Digite o nome do atalho (meu nome usual é SkypeKill) e clique em "Concluir" (ou pressione Enter)
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Pin (arraste) o atalho para a barra de tarefas para que o Skype possa ser fechado e desligado com um único clique neste ícone da barra de tarefas.
É isso. O que isto faz é:
/ IM fecha graciosamente um processo com o “nome da imagem” skype.exe
/ T fecha todos os processos associados skype.exe abertos
Se o Skype não fechar bem com isso (eu já vi em alguns computadores), eu acrescento '/ F' ao final do comando taskkill para fechá-lo com força: taskkill.exe / IM skype.exe / T / F