Você deve usar o pacote r-cran-multicore para ativar o processamento de várias CPUs:
sudo apt-get install r-cran-multicore
Veja detalhes sobre essa funcionalidade aqui: link mas como um aviso, seu código 'R' provavelmente terá que ser atualizado para aproveite a tecnologia de vários núcleos. a menos que você já esteja usando código pré-fabricado que suporte as extensões multicore.