I already have the private key with which the file has been encrypted, but I am not sure how can I specify it.
Eu entendo isso como "Eu tenho um arquivo contendo a chave privada, mas não sei como dizer ao GnuPG para usá-lo".
O GnuPG requer que chaves (públicas e privadas) sejam armazenadas no chaveiro do GnuPG. Isso é tão fácil quanto
gpg --import [keyfile]
Depois, você poderá descriptografar o arquivo exatamente da maneira que você já tentou.