A documentação do mysql em secure_file_priv indica que a variável é definido como um local padrão do sistema de arquivos específico da plataforma, para torná-lo seguro por padrão.
Dito isso, você precisa definir explicitamente a variável como uma string vazia em sua configuração para desabilitar esse recurso de segurança.
Para o Ubuntu, edite o arquivo /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
e adicione a seguinte linha no final:
secure_file_priv=""
Em seguida, certifique-se de reiniciar o serviço.