Se você souber que caractere (s) remover, você pode usar a substituição na expansão de parâmetros:
myVar=${myVar/E} # Replace E with nothing
Ou, se você souber quais caracteres manter:
myVar=${myVar/[^YS]} # Replace anything but Y or S
Ou, se você souber a posição:
myVar=${myVar:0:1}${myVar:2:1} # The first and third characters