VLC também permite adicionar (ou subtrair) o atraso das legendas para que você possa sincronizá-las durante a visualização. Ctrl-H e Ctrl-J mudam o atraso em 50ms em qualquer direção.
Os arquivos SRT são arquivos de texto básicos, portanto, depois de encontrar um deslocamento com a aparência correta no VLC, use perl ou sed (ou sua linguagem de script favorita) para adicionar esse deslocamento a todos os timecodes do arquivo.
(Ou experimente os programas de edição de legendas acima mencionados, caso não esteja à altura do desafio da matemática fora do cuff).