Esta página em Go 4 Answers implica que é apenas uma arquivo zip:
6) Find the file netfx_Core.mzz and rename it with netfx_Core.zip and open with extractor
Então, se isso for verdade e o fato de estarem em uma pasta chamada "SetupCache", significa que esses são apenas os arquivos de dados para a instalação do .net 4.0.
Se a instalação estiver concluída e funcionando, então você deve estar seguro para excluí-los. Eu poderia movê-los para outra (maior) partição ou fazer backup deles primeiro, apenas para estar seguro, caso algo ainda faça referência a eles. Na verdade, faça backup de todo o conteúdo dessa pasta antes de excluir.