A resposta do Avirk na verdade não varre um arquivo ou pasta diretamente, apenas inicia uma varredura rápida ou completa de todo o seu computador.
link descreve um método para obter o digitalizar para trabalhar em pastas. Eu acho que com algumas modificações pode ser feito para trabalhar em arquivos também.
UPDATE:
É bastante fácil fazer isso funcionar em arquivos, apenas mude a pasta / parte das chaves de registro para / * /.
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\*\shell\WindowsDefender]
"MUIVerb"="Scan With Windows Defender"
"Icon"="%ProgramFiles%\Windows Defender\EppManifest.dll"
@=""
[HKEY_CLASSES_ROOT\*\shell\WindowsDefender\Command]
@="\"C:\Program Files\Windows Defender\MpCmdRun.exe\" -scan -scantype 3 -SignatureUpdate -file %1"
(Cole o acima em um arquivo com extension.reg e mescle-o no registro clicando duas vezes no arquivo.)
A única coisa que não consigo trabalhar é fazer a varredura da GUI versus uma versão do console da saída da varredura.