É perfeitamente razoável apenas fazer um snapshot de todo / home se você quiser que o / home / user seja armazenado em backup. instantâneos são relativamente piar.
btrfs snapshot create /home/ /home/snapshot
No Btrfs, a unidade base de um snapshot é o subvolume (/ mount-point / é automaticamente um subvolume) e você não pode capturar nada menor. Neste caso, o seu / home é a menor coisa que você pode tirar instantâneos. Você provavelmente nunca encontrará problemas com a captura instantânea de todos / home e, se algum dia fizer isso, será o método de criar um subvolume e copiar para ele. Há uma boa chance de que até lá o btrfs seja capaz de criar instantâneos de diretórios antigos.